Basilea entwickelt Medikamente zur Behandlung von Bakterien- und Pilzinfektionen. Toctino, Basileas erste zugelassene Arznei, wird seit Herbst 2008 in Europa zur Behandlung chronischer Handekzeme vermarktet. Die Phase-III-Studie in den USA dauert an. Mit klinischen Ergebnissen wird Ende 2011 gerechnet. Ceftobiprole, ein neuartiges Cephalosporin-Antibiotikum mit Wirksamkeit gegen MRSA, ist die US-Zulassung durch die FDA im Dezember 2009 verweigert worden. Basilea und deren Partner Johnson & Johnson haben ein Schlichtungsverfahren in den USA eingeleitet. Der im November 2010 gefällte Schiedsspruch besagt, dass J&J die Lizenzvereinbarung verletzt hat, was die zuständigen Behörden dazu veranlasste, das Medikament nicht als Therapeutikum gegen schwere Hautinfektionen zuzulassen. Basilea wurde ein Schadensersatz von USD 130 Mio. zugesprochen. Er umfasst entgangene Meilensteinzahlungen, sonstige Schäden und Zinsen.

Basileas Antimykotikum Isavuconazol leidet unter einer erheblichen Entwicklungszeitverzögerung infolge von Produktions- und Qualitätsproblemen. Die Veröffentlichung erster Daten der Phase-III-Studie zur Behandlung von Candida-Infektionen wurde auf 2013 verschoben. Gemäss dem kürzlich geschlossenen Partnerschaftsvertrag mit Astellas zur gemeinsamen Entwicklung von Isavuconazol trägt Astellas den Grossteil der Entwicklungskosten.

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