Basilea entwickelt Medikamente zur Behandlung von Bakterien- und Pilzinfektionen und vertreibt Toctino gegen schwere chronische Handekzeme. Toctino, Basileas erste zugelassene Arznei, wird seit Herbst 2008 in Europa zur Behandlung chronischer Handekzeme vermarktet. Die überzeugende Phase-III-Studie und zusätzliche Sicherheitsdaten haben die amerikanische FDA zur Genehmigung einer Phase-III-Studie in den USA veranlasst, die Ende 2008 initiiert wurde. Ceftobiprole, ein neuartiges Cephalosporin-Antibiotikum mit Wirksamkeit gegen MRSA, wurde in Kanada und in der Schweiz zugelassen. Im Gegensatz dazu hat die FDA Basileas Partner Johnson & Johnson erneut einen «Complete Response Letter» ausgestellt und weitere klinische Studien vorgeschlagen. Mit einer endgültigen Entscheidung der EMEA wird in den kommenden Monaten gerechnet. Aufgrund der Zulassungsverzögerungen in den USA hat Basilea ein Schlichtungsverfahren in den USA eingeleitet. Basilea will möglicherweise entgangene Meilensteinzahlungen und entstandene Wertverluste einfordern. Mit einem Schiedsspruch wird Ende 2010 gerechnet. Basileas Antimykotikum Isavuconazol leidet unter einer erheblichen Entwicklungszeitverzögerung infolge von Produktions- und Qualitätsproblemen. Die Veröffentlichung erster Daten der Phase-III-Studie zur Behandlung von Candida-Infektionen wurde auf 2011 verschoben.