Cosmo Pharmaceuticals ist auf Entwicklungen optimierter Therapien für ausgewählte Magen-Darm-Erkrankungen spezialisiert. Die firmeneigene klinische Entwicklungspipeline des Unternehmens ist insbesondere auf innovative Therapien für entzündliche Darmerkrankungen wie Colitis ulcerosa und Morbus Crohn sowie Koloninfektionen und ausgewählte, topisch behandelte Hautstörungen ausgerichtet. 2007 wurde Lialda, das am weitesten fortgeschrittene Medikament mit entsprechender Drug-Delivery-Technologie des Unternehmens Cosmo, von Shire Pharmaceuticals im US-amerikanischen Markt eingeführt.
Mit Budesonide, dem wichtigsten Pipelineprojekt des Unternehmens, will Cosmo ein Medikament zur Behandlung leichter bis mittelschwerer Colitis ulcerosa entwickeln. Die Daten der Phase-III Studie, sowohl in den USA als auch in Europa, bescheinigen dem Produktkandidaten eine positive Wirkung. Die EU Zulassung wird voraussichtlich im 1. Halbjahr 2011 beantragt, in den USA soll der Zulassungsantrag im 2. Halbjahr 2011 eingereicht werden. Santarus hält die Lizenzrechte für das Präparat in den USA, Ferring für die übrigen Regionen.
Zu den weiteren Pipelineprojekten zählen neue Formeln von Rifamycin, einerseits zur Behandlung von Reisediarrhoe und andererseits als Mittel zur Behandlung von Clostridium difficile, wobei sich Letzteres in einer früheren Entwicklungsphase befindet. Durch den Erwerb von BioXell verstärkte sich die Bilanz von Cosmo erheblich.