Gilead entwickelt und verwaltet Wirkstoffe für die Behandlung von Infektionskrankheiten wie HIV, Hepatitis B, Hepatitis C und Influenza sowie von Lungenerkrankungen wie der pulmonalen arteriellen Hypertonie (PAH) und der zystischen Fibrose. Der Nukleotid-Reverse-Transkriptase-Hemmer Viread, das seit dem Jahr 2001 vermarktete Produkt des Unternehmens, zählt heute zu den tragenden Säulen bei der Behandlung von HIV-Infektionen. 2004 lancierte das Unternehmen Truvada, das inzwischen zum wichtigsten Therapeutikum für die meisten HIV-Patienten geworden ist. Im Juli 2006 brachte Gilead Atripla auf den Markt, eine einmal täglich einzunehmende Tablette, die die beiden Arzneimittel Truvada (Gilead) und Sustiva (Bristol-Myers) kombiniert. In den USA und in Europa hat sich Atripla rasch als Medikament der Wahl bei neu diagnostizierten HIV-Patienten durchgesetzt. Darüber hinaus könnten sich Gileads Integraseinhibitor, der sich derzeit in Phase-III-Versuchen befindet, und das Kombinationspräparat, das aus Gileads Truvada und Tibotecs NNRTI TMC-278 besteht und in den USA und in Europa zugelassen ist, zu weiteren Alternativen in der Behandlung von HIV entwickeln.

Mit der Einführung von Hepsera hat sich Gilead als wichtiger Player in der Behandlung von Hepatitis B etabliert. Die Lancierung von Viread für diese Indikation im Jahre 2008 hat Gileads Position auf diesem Therapiegebiet weiter gestärkt. Ausserdem erhält das Unternehmen vom Kooperationspartner Roche Lizenzgebühren für das Grippemedikament Tamiflu. Darüber hinaus begann Gilead im Juni 2007 mit der Vermarktung von Letairis, einem Medikament zur Behandlung von PAH, das mit Actelions Tracleer konkurriert. Die Markteinführung des neuen Antibiotikums Cayston für die Behandlung von zystischer Fibrose in den USA und in Europa erfolgte 2010.

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